病院设有分院1个和临床医技科室58个，有国度省市重点专科25个，重点尝试室（研究所）16个，此中：有深圳市首个国度临床重点医学专科（骨科）、国度处所结合肿瘤基因组临床应用关键手艺工程尝试室、国度处所结合医学合成生物学工程尝试室、国度卫生部脑卒中防治基地病院1个以及国度中医药办理局卵白组学尝试室、国度中医药办理局舌诊原理与应用重点研究室深圳第二人民病院。省重点医学专科10个（骨科、神经外科、泌尿外科、血液内科、中西医连系老年病科、耳鼻喉科、康复科、肾内科、烧伤整形科、口腔科）。深圳市优势重点学（群）、重点医学专科14个（神经学科群、骨科运动医学科群、泌尿外科学科群、口腔科学科群等） 。
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